Veliko i Malo jezero zapravo su duboki morski zaljev koji je nastao povišenjem razine mora u poslijeglacijalnom razdoblju. U prošlosti je to bila krška ponikva, koja je jedno vrijeme vjerojatno bila slatkovodna (u razdoblju između 10.000 i 6.000 godina prije današnjice), da bi se kasnije ispunila morem kroz sustav krških pukotina, ali i uskim prolazom s otvorenog mora kroz Solinski kanal.
VELIKO JEZERO
- Površina: 145 ha
- Dužina obalne linije: 9240 m
- Najveća dubina: 47 m
- Temperature: prosinac: min. 10,6 °C (pri dnu); max. 15,2 °C (srednji sloj); kolovoz: min. 11,6 °C (dublje od 25 m); max. iznad 25 °C (površ. sloj)
- Slanost: prosinac: min. 37,5 ‰ (0-10 m); max. 38,75 ‰ (10-15 m); kolovoz: min. 37 ‰ (17-20 m); max. 38,4 ‰ (površ. sloj)
Veliko se jezero spaja s otvorenim morem dugim i širokim kanalom, na mjestu koje se zove Veliki most, a od tog se mjesta širi u Solinski kanal i zatim se spaja s otvorenim morem. Veliki je most prije 1958. godine bio plitkiji i uži nego danas, što je rezultiralo stvaranjem jake morske struje koja se mijenjala svakih šest sati. Za vrijeme plime ili oseke struja je ili ulazila ili izlazila iz jezera. Na tom su mjestu benediktinci izgradili mlin kojeg je pokretala struja. Mjesto Soline, koje se nalazi u neposrednoj blizini, je dobilo ime jer se sol skupljala na tom području. Veliki je most srušen 1958. te ponovno izgrađen 2016. godine.
MALO JEZERO
- Površina: 24 ha
- Dužina obalne linije: 2600 m
- Najveća dubina: 29 m
Malo jezero je u kopno najuvučeniji dio sustava jezera, a s Velikim jezerom je povezan plitkim i uskim kanalom. Kroz njega se izmjenjuje more pod utjecajem plime i oseke.
Iznad kanala izgrađen je kameni most, koji se naziva Mali most ispod kojeg mogu prolaziti manje barke. Obale Malog jezera vrlo su razvedene i raskošno obrasle gustim krošnjama borova koji se prostiru do samog mora.
U podmorju Jezera nalazimo bogatstvo životnih oblika, a posebno onih rijetkih i endemičnih. Ovdje možemo vidjeti mnoge ribe, kao što su zubaci, salpe, arbuni, škrpine i razne druge koje slobodno ulaze te izlaze iz Jezera u otvoreno more kroz Solinski kanal.
Jedna od specifičnosti Jezera su školjkaši koji se ovdje zbog pogodnih uvjeta razvijaju u velikom broju. Svakako treba izdvojiti Jakobovu kapicu (Pecten jacobaeus) – školjkaša koji živi na dubini od 17 i više metara, zakopan na površini pijeska tako mu se vidi samo gornja ljuštura. Zanimljivo je da je i aktivan plivač.
Na dnu Jezera česta je zakonom strogo zaštićena plemenita periska, Pinna nobilis, endem Sredozemnog mora i naš najveći školjkaš. Živi na pjeskovitom dnu, na dubinama od 2 do 30 m, prednjim, šiljastim dijelom ljušture zakopana u sediment.
Za dno je pričvršćena tankim nitima, a zanimljivo je da su se u prošlosti one koristile kao pletivo. Međutim, njene su ljušture vrlo cijenjeni ukras i traženi suvenir pa njihovim vađenjem nestaje i cijela ova bogata zajednica raznolikih organizama. Stoga je periska od 1994. godine zakonom zaštićena te je sakupljanje, izlov i trgovina ovom vrstom strogo zabranjena (Zakonu o zaštiti prirode NN 30/94). Periska je zaštićena u cijelom Sredozemlju. Prema Pravilniku o visini naknade štete prouzročene nedopuštenom radnjom na zaštićenim životinjskim vrstama (NN 84/96) novčana kazna za ubijanje jedinke vrste Pinna nobilis iznosi 500 Kn.
Oku često nevidljivi, bušeni u priobalne stijene, žive prstaci (Litophaga litophaga), školjkaši čije se ličinke nastanjuju bušeći kamen kiselom izlučevinom. Prstaci rastu jako sporo, potrebno im je 10 do 20 godina da narastu do dužine od 5 cm. Za primjerke 8 do 10 cm dužine procijenjeno je da su stari 70 do 80 godina.
Prstac (Lithophaga lithophaga) zaštićen je Zakonom o zaštiti prirode, odnosno Pravilnikom o strogo zaštićenim vrstama (N.N. 144/13) te Konvencijom o međunarodnoj trgovini ugroženim vrstama divlje faune i flore (CITES). Za prekršaj prema Zakonu o zaštiti prirode predviđena je kazna u visini od 25.000 do 200.000 kuna za pravnu osobu te 7.000 do 30.000 kuna za fizičku osobu i odgovornu osobu u pravnoj osobi.
S mnoštvom drugih vrsta (alge, račići, mahovnjaci, spužve, školjkaši, ježinci, zvjezdače) oni čine zajednicu hridinaste obale – jedne od najzanimljivijih i najbogatijih morskih staništa. Izlovom prstaca uništava se cijelo stanište hridinaste obale, a sama obala se više ne može obnoviti. Radi zaštite hridinaste obale kao posebnog staništa ribolovnog mora zabranjen izlov prstaca te njihovo stavljanje u promet na cijelom teritoriju Republike Hrvatske, kao i njihov izvoz. U Jezerima živi vrsta meduze Aurelia relicta, koja ne živi nigdje drugo na Svijetu. Pojedini primjerci su izrazito veliki – mogu dosegnuti veličinu i do 55 cm u promjeru. Međutim, ona je za kupače posve bezopasna.
Ponekad se može primijetiti na površini, ali se više zadržava u dubljim slojevima mora hraneći se planktonom. Ova vrsta odvojila se od svojih srodnika prije otprilike 24 milijuna godina i nastavila samostalan razvoj.
Znanstvenicima je posebno zanimljiva zbog činjenice da se njeni najbliži srodnici nalaze u morskom jezeru na otoku Palau kod Filipina!
Malo jezero nalazi se na sjeverozapadnom dijelu Velikog jezera i s njime je spojen kanalom dugim 30 m i dubokim do 0,5 m, kroz koji također ovisno o plimi i oseki, teče jaka morska struja. Kanal se nalazi na mjestu koje se zove Mali most. Površina jezera iznosi 0,24 km2, a najveća mu je dubina 29 m. More se u Malom jezeru slabo izmjenjuje pa ono ima svojstvo lagune.