Na Mljetu ima 18 naselja i zaseoka.
Naselja koja se nalaze van Nacionalnog Parka: Saplunara, Korita, Maranovići, Okuklje, Prožura, Prožurska luka, Sobra, Babino Polje, vikend naselje u uvali Sutmiholjska, Blato, Kozarica, Ropa.
Saplunara je nastala nakon drugog Svj. rata, kao luka stanovnika Korita, te ima 32 stanovnika, divne pješčane plaže s jedne i kamene plaže s druge strane otoka. Moguće je da je njeno ime nastalo imenovanjem prostora od strane Sv. Pavla apostola po tom pijesku (lat. sablun, saplun – pijesak), u prvom stoljeću nakon Krista, kad je doživio brodolom 61. godine i boravio na otoku Mljetu tri mjeseca. Pinije koje ovdje samoniklo rastu su među najljepšima svoje vrste, a sitni pijesak uvala Saplunare i Blaca s grebenima podsjeća na one predjele planeta Zemlje koji se s pravom ubrajaju u bisere i dragulje ovog svijeta. Predio Saplunara prepoznat je kao područje iznimnih prirodnih vrijednosti te je zaštićen pod kategorijom značajnog krajobraza.
Korita su naselje nastalo 1474. godine. Mjesto broji oko 70 stalnih stanovnika. Njegova izvorna lokacija je mjesto Žara s kojim se on i danas poklapa u mnogim razgovorima. Ime mu je nastalo od geoloških oblika nepropusnog kamenog sloja koje u obliku korita usmjerava i sakuplja vodu kišnicu. Mjesto se nalazi u sredini prostora u dugoj udolini okruženo brdima Kočak, Klupačka, Planjak, Vranjak, Jarište, Konjuška, Vrijesovac i Ljut, a bilo je idealno mjesto za skrivanje od gusara jer se nije vidjelo sa mora. Okolne puškarnice te zalihe vode davale su joj izvjesnost opstanka. Nekoliko starih kuća sa dubrovačkim baroknim oznakama potiču iz XVII i XVIII stoljeća a najpoznatija je kuća Kazilari te Škapić sa datumom 1695. godine. Upad gusara 29. kolovoza 1669. godine u Korita ostao je trajno zapisan: veliku pljačku provelo je 800 gusara a bilo je 7 mrtvih i 5 ranjenih Korićana. Postoje tri crkvice iz XV. stoljeća: Sv. Vida, Sv. Ilije i Gospe od Brijega, te samostan Klarisa. Te građevine svjedoci su vremena, bogatstva i vjere stanovnika te umjetnosti koja je bila tada dominantna i koja je time obilježila prostor i život do današnjih dana. Crkva Sv. Vida sazidana je u Gotsko-renesansnom stilu, a Gospa od Brijega u renesansno-baroknom stilu. Nakon druge polovice XVIII stoljeća selo je zbog kuge i nestanka srdela izgubilo na značaju te se obnavlja, ali ne dovoljno do današnjih dana, i traži svoju priliku u turizmu i kulturnoj i prirodnoj baštini.
Okuklje je najstarije hrvatsko otočno mjesto na obali, koje su osnovali stanovnici Vrhmljeća u XV stoljeću, a služilo je kao luka mjestu Maranovići. Mjesto je mnogih pomoraca i ribara sa najzaštićenijom uvalom koju na talijanskom jeziku zovu Porto Cammera. Selo broji oko 10 stalnih stanovnika, a po ljeti je značajno turističko i nautičko stjecište. U starom naselju na današnjoj asfaltiranoj cesti nalaze se crkva Sv. Nikole iz XVI stoljeća sa samostanom Sv. Dominika koji su obnovljeni 1990. godine. Kad su selo opljačkali i zapalili gusari 29. VIII 1669. godine stanovništvo nije izbjeglo, ali je 1693. godine nakon izdaje sluge svećenika Don Trojana Kolendića izbjeglo u Korita i Maranoviće.
Maranovići je naselje od oko 50 stalnih stanovnika, nastalo pokrštavanjem Sefarda koji su se naselili tokom migracija u 15.st., poznato po lijepom položaju iznad i ispod asfaltne ceste, okolnim poljima i maslinicima te krasnom crkvom i bratovštinom Sv. Antuna iz XVII stoljeća. Današnja crkva nastala je na temeljima stare gotičke crkve u XIX stoljeću i čuva lijepi gotički kalež od pozlaćena srebra iz XV stoljeća. Oltar je bio posvećivan 1494. godine te 2004. godine. Župa je ustanovljena 1769. godine. Između sela Maranovići i Korita, na okomitim stijenama, nalazi se stanište rijetke i strogo zaštićene biljne vrste modrog lasinja (Moltkea petraea). Ova biljka je endem primorskih padina Dinarida i rasprostranjena je od središnje Dalmacije prema jugu, a na otocima su malobrojna nalazišta.
Prožura je naselje iz XV stoljeća, nastalo oko dubrovačke gotičke crkve Sv. Trojice i samostana. Vjerojatni graditelji i osnivači su lokrumski benediktinci 1477. godine što je vidljivo iz darovnice svećenika Luke sa Korčule, a na službi mljetskog kapelana i pisara. Najveća dragocjenost je romaničko brončano i rustično-gotičko raspelo. Na ovome drugom raspelu se nalaze likovi Sv. Vlaha, Sv. Martina, kome je posvećena crkva iznad sela, i Sv. Nikole. Mjesto je služilo plemstvu Dubrovačke republike za odmor, a u njemu je rođen stonski biskup Pavao Gracić u XVII stoljeću. Crkva Sv. Martina sa trijemom dominira selom, a crkvica Sv. Roka sa polukružnom apsidom iz mlađeg doba daje dodatni cjeloviti dojam važnog i lijepog mjesta. Kaštil (četverokutna utvrda – kaštio) iz XVII stoljeća dominira selom i svjedoči o teškim vremenima i prometnoj i strateškoj važnosti otoka od pamtivijeka do danas.
Prožurska luka, prvotnog imena Porat, je staro ribarsko naselje mjesta Prožura sa izvlačilištem za popravak gajeta i barki. Pokraj Prožure nalazi se jedna i od otočkih blatina. Stanovništvo od 10 stalnih stanovnika bavi se danas turizmom i ugostiteljstvom. U blizini Prožure, na dijelu šumskog puta koji vodi od asfaltne ceste prema Strujama, nalazi se stanište izuzetno rijetke biljke, križanca obične i grčke planike, (Arbutus x andrachnoides).
Sobra se nalazi u dubokom zaljevu na sjevernoj strani otoka i glavna je otočna luka. Svakim danom se sve više izgrađuje i ima oko 70 stalnih stanovnika. Sobra je stalno naseljena od druge polovice 19. stoljeća, a nastala je kao luka Babinom Polju, s kojim je povezana starim seoskim putem i asfaltiranom prometnicom. Pokraj Sobre nalazi se jedna od otočkih blatina, iz koje se to naselje opskrbljuje vodom. Odavde su prije isplovljavale mljetske gajete na vesla i jedra sa drvima, koje je služilo kao građevinski materijal u Dubrovniku za vrijeme Republike. Godine 1880. na mjestu današnjeg naselja je izgrađeno manje pristanište, a ubrzo je bila uključena u stalnu brodsku vezu između Trsta i Kotora te se od tog vremena smatra glavnom mljetskom lukom. Na staroj rivi u naselju nekada je pristajala redovna pruga za Dubrovnik, dok je danas glavno pristanište izmješteno u obližnji zaljev Zaglavac. Tu se danas nalazi i jedina otočna benzinska postaja. U Sobri postoji nekoliko restorana, privatni smještaj, te ured Lučke uprave.
Babino Polje je najveće, najduže i jedno od najstarijih naselja na otoku, a nalazi se na središnjem dijelu otoka. Iznad naselja nalazi se najveći vrh otoka, Veliki Grad (514 m). Ima cca. 300 stanovnika na četiri kilometra dužine i administrativno je sjedište otoka. Sastoji se od tri zaseoka Zadublje, Sršenovići i Zabrežje. Na teško pristupačnoj morskoj obali nalaze se brojne špilje Rikavice, Odisejeva špilja (izvornog imena Jama) i otočić nimfe Kalipso, Ogiran. Prema legendi, ime duguje starici kojoj je knez Desa poklonio zemlju kao nagradu za dobre savjete koje mu je davala za vrijeme borbe s neprijateljem dukom Reminom, dok ta “baba” zapravo znači dvanaest babinopoljskih rodova, koji su, u znak zahvalnosti za sudjelovanje u bitci protiv Rimljana na zapadu otoka, dobili zemlju uz plodno polje. U vrijeme Dubrovačke Republike bilo je najveće naselje osim Dubrovnika i tu je stolovao mljetski knez i zasjedala otočna univerzija o čemu svjedoči i knežev dvor kao i Mljetski statut. Crkva Sv. Pankracija nastaje u XI stoljeću u čast zaštitniku otoka i posjed je lokrumskih benediktinaca te je centar rimokatoličke župe. Znamenitosti naselja su:
Sotnica – sudsko-upravna i gospodarska zgrada koju su izgradili benediktinci kako bi u njoj pohranjivali prihode sa svojih posjeda u Babinom Polju, a u njoj su obnašali sudbenu vlast sve dok otokom nije zavladala Dubrovačka Republika.
Knežev dvor – renesansna stambena zgrada, koju je dala izgraditi Dubrovačka Republika.
Crkve: crkva sv. Andrije, crkva sv.Mihovila, crkva sv. Ivana, crkva sv. Spasa, crkva sv. Đurđa, crkva sv. Vlaha, crkva sv. Pavla, crkva sv. Josipa.
Kapelice: kapela Gospe od milosrđa (Gospa od Brijega)
Spomenici: spomenik poginulim borcima NOB-a, spomenik kralju Tomislavu.
Crkva Sv. Vlaha iz XV stoljeća i Knežev dvor (Palac) iz XVI stoljeća centralno su mjesto otoka uz obrambene kule koje su štitile prilazne putove mjestu. Nedaleko od naselja nalaze se spilje Ostaševica,Movrica i Odisejeva špilja, te najdublja jama na otoku (Jama međugrađen, 102m). U Babinom Polju se nalazi glavna pošta, osnovna škola, ambulanta, ljekarna, vatrogasci, općina, matični ured, uljara, restoran i kafić.
Blato se smjestilo na srednjem dijelu otoka, uz vrlo plodno, istoimeno, polje. Nastalo je tijekom XVII stoljeća. Zbog svog odličnog položaja, Blato je u jednom trenutku bilo toliko veliko naselje da je imalo vlastitu osnovnu školu, koja danas više nije otvorena. Selo smješteno u velikoj, prostranoj i dubokoj dolini. Polje je jako plodno i pretežno zasađeno vinovom lozom i svim ostalim kulturama potrebnim za život stanovništva. Selo se nalazi na centralnom dijelu otoka i ima stare staze za sva mjesta na otoku sa jugoistoka i sjeverozapada. U blizini naselja nalazi se najveća otočna blatina. Prema sjevernoj strani vodi i asfaltirana cesta koja završava u malom mjestu Kozarica u kome je stara luka za privez brodica i pristajanje broda. Iz Blata cesta vodi na glavnu cestu te najbliže selo Ropu kamo se može ići i pješke, a ti putevi vode i do Kozarice i Babinog polja te posebno za NP “Mljet”. Selo ima dobro sačuvanu staru arhitekturu i broji oko 40 stalnih stanovnika.
Kozarica je malo ribarsko i turističko naselje kojeg su osnovali stanovnici Blata 1926.g. Ima 30-ak stalnih stanovnika, a poznato je po slatini, lokvi bočate vode koja je meliorirana za poljoprivrednu upotrebu. Oko slatine velika je plantaža agruma, brojni maslinici i auto-kamp.
Ropu su također osnovali Blaćani (Radulj) i Babopoljani (Matana), a broji oko 20ak stanovnika. Smještna je na južnim padinama otoka uz istoimeno polje. U Ropi se nalazi kamp i privatni smještaj. Maslinarstvo, vinogradarstvo, ribarstvo i turizam bitne su djelatnosti njenih stanovnika.
Naselja koja se nalaze u Nacionalnom parku: Polače, Pomena, Goveđari, Soline, Babine Kuće i zaseoci Njivice, Velika Loza, Tatinica i Pristanište.
Polače su naselje najstarijeg datuma jer datiraju još od ilirskog i grčkog razdoblja. U njima se danas može vidjeti mnoštvo građevina iz rimskog razdoblja. Naselje se smjestilo na zidinama kasnoantičke palače po kojoj je i dobilo ime, a u njemu živi oko 140 stanovnika. Naselje i luka se nalaze u najvećem i najsigurnijem zaljevu ovog područja, pred kojim se nalaze otočići Tajnik, Ovrata, Kobrava i Moračnik. Zbog izrazito sigurnog veza tu se preko zime znaju zakloniti teretni brodovi,a ljeti je zaljev pun jahti, jedrenjaka, itd. Polače oko 1830. godine naseljavaju obitelji Dabelić i Nodilo, te se ono u drugoj polovici XX stoljeća naglo širi uz obalu.
Kulturna baština naselja Polače
Arheološki spomenici:
- Ostaci rimske vilae rusticae i ostaci termi
- Antički rezidencijalni kompleks (palača) nastala krajem 5. stoljeća;
- Starokršćanska crkva iz 5.-6. st;
- Nodilove košare – sakralna građevina iz 6. st.; registriran
- Zapadno od kasnoantičke palače dvije pravokutne zgrade s ostacima lezena;
- Kasnoantički kaštel na uzvisini iznad luke Polače
Hidroarheološki lokaliteti:
- Područje otoka Ovrata – antički brodolom, nalazište amfora, registriran
- Područje otoka Glavat – antički lokalitet 1. st. pr. Kr. I 1. st. posl. Kr. – nalazište amfora, registriran
- Područje luke Polače – antički brodolom, nalazište amfora, keramike, oplate broda
- Područje otoka Maslinovac – kasnoantički lokalitet, nalazište amfora
- Područje otoka Glavat – antički lokalitet, pojedinačni nalazi
- Područje rt Glavat – antički brodolom, 2.st. nalazište amfora
- Područje rt Glavat – antički brodolom
U mjestu ima restorana i apartmana.
Soline su manje turističko naselje koje se nalazi u istoimenom kanalu na izlazu iz Velikog jezera prema otvorenom moru. Zbog plićine kanala benediktinci su punili prirodne bazene na obali morem, koje je, kad bi isparilo, davalo sol. Kasnije je mjesto po toj proizvodnji soli i dobilo ime Soline. Osnovane su 1825. godine naseljavanjem obitelji Sršen.
Kulturna baština naselja Soline
Arheološki spomenici:
- Kameni križ s glagoljičinim natpisom iz razdoblja samoga srednjeg vijeka (14. st.)
- Most na spoju Solinskog kanala i Velikog jezera (17. st.) – srušen 1958. godine zbog prolaza većih brodova u jezero, na istom mjestu bila je i mlinica koju su sagradili Benediktinci. Na ulazu u Solinski kanal izgrađena je ekološka brana koja sprječava ulazak plutajućeg krupnog otpada u Jezera. Naime, za vrijeme južnih vjetrova jako puno otpada ulazi sa otvorenog mora u smjeru Jezera nošeno jakim vjetrom i valovima. Drugi je razlog okrenutost Jezera u smjeru juga, odakle dolaze glavne jadranske struje.
Babine kuće – izvorno Zababinon kućon – su naselje posebnog ugođaja na samoj obali Velikog jezera. Zbog jedinstvenog pogleda na otočić sv. Marije i Veliko jezero brojni gosti se ponovno vraćaju da svoj odmor provedu “na samom izvoru ljepote otoka Mljeta”. Osnovano je sredinom XX. stoljeća naseljavanjem obitelji Vojvoda.
Kulturna baština
Arheološki spomenici:
- brdo Veliki sladin gradac – ostaci prapovijesnog gradinskog naselja (koji je čuvao izvor vode u Fontani), antičke i srednjovjekovne utvrde.
- Nasuprot Babinih kuća nalazi se zaseok Njivice (to maleno mjesto je nastalo 1936. godine, otvaranjem prvog mljetskog hotela “Jezero” obitelji Stražičić), a u nedalekom Pristaništu su pošta i Uprava Nacionalnog parka.
Goveđari Krajem XVIII stoljeća točnije rečeno 8. IV 1793. godine kako kaže Ugovor o naseljavanju iznad polja Pomijenta, između mljetskih redovnika, samostanskih zastupnika s jedne strane i dvije obitelji (Stražičić, Milić) sa druge strane, regulirani su odnosi među dvije strane kao i prava i obveze, a prije svega dozvoljeno je naseljavanje, rad i davanja benediktincima, pa su se po tom Ugovoru uskoro pridružile još tri obitelji (Hajdić, Matana i Sršen – a u drugoj polovici 19. stoljeća i obitelji Nodilo i Đivanović). Do sela se može doći pješke mnogobrojnim seoskim putevima sa svih strana koje ga okružuju, te automobilom i autobusom redovne linije Pomena – Sobra koja prevozi putnike na redovnu brodsku trajektnu liniju. Najljepši pogledi na selo su sa glavne ceste Polače – Vrbovica od križanja Jarište sve do same Vrbovice, te sa ceste Vrbovica – Goveđari. Na kraju sela u borovoj šumi na pola puta prema naselju Babine kuće nalazi se crkvica Sv. Nikole sagrađena početkom XX stoljeća 1927. godine s pripadajućim Župnim uredom na Velikoj Lozi na rubu Pomijente i Vrbovice. Župa Goveđari ustanovljena je 1897. godine i njene se granice poklapaju sa katastarskim granicama NP “Mljet”. Na putu prema crkvici Sv. Nikole mogu se vidjeti mnogobrojna guvna za vršidbu žita kao i košare za koze, magarce, svinje, te kokošarice za perad. Osnovna škola ( prva tri razreda pučke škole) nalazi se na putu kojim se ulazi u selo kao i napuštena i nedovršena zgrada seoskog doma.
Kulturna baština naselja Goveđari
Arheološki spomenici:
- Na vrhu Malog sladin graca uz ruševine prapovijesne utvrde nađeni su rimski grobovi
- Između vrha Glavice i Malog polja otkrivena je prapovijesna nekropola, evidentirana 1917. godine
- Na položaju Mali sladin gradac, istočno od sela otkriveni su ostaci prapovijesne utvrde i naselja, evidentirano 1917. godine.
Pomena – koja je svoje ime dobila po palmi (pomi) – se nalazi u maloj uvali, na sjeverozapadnoj strani otoka. Ta mala uvala, zaštićena četirima otočićima, bila je naseljavana još i u antičko vrijeme. Vjerojatno je služila kao usputna lučica brodovima, koji su išli u smjeru Korčule . Usprkos antičkoj naseobini, temelje današnjem naselju nisu dali Rimljani, već ribari iz Goveđara, koji su u Pomeni napravili malene magazine u koje su pohranjivali svoj ribarski alat i mreže. Prvi stalni stanovnici dolaze iz Goveđara, osnivaju ribarsku zadrugu u mjestu, ali je svoj najveći razvoj Pomena doživjela izgradnjom hotela. Zbog hotela, u mjestu se grade nove kuće te je Pomena danas, zbog blizine Velikog i Malog jezera, turistički najjače Mljetsko naselje. Jedini hotel na otoku Mljetu smješten je upravo u ovom mjestu na temeljima ribarske zadruge i centralno je mjesto za smještaj cca. 320 posjetitelja.
Broj stanovnika pokazuje trend uspona, a stalnih stanovnika je 52. Kvaliteta mjesta ogleda se u:
- Blizina Temeljnog fenomena NP “Mljet” – gusta borova šuma, Malo i Veliko jezero te ostali brojni prostori i sadržaji uz mogućnosti višednevnog boravka u Pomeni otvara Vam dobru mogućnost za detaljno razgledanje i prostora cijelog otoka Mljeta.
Kulturna baština naselja Pomena
Arheološki lokaliteti: - Antička vilae rusticae nalazi antičkih grobova
- Otok Crna Seka – antički lokalitet, nalaz sidra
- Otok Šilj – antički lokalitet, nalaz amfora
- Otok Pomeštak – antički lokalitet, nalaz amfora
- Uvala Lastovska – antički lokalitet, nalaz amfora
Zaseoke Pristanište i Tatinica osnovala je šumarija izgradivši po jednu lugarnicu za svoje službenike.