Podmorje NP-a Mljet obiluje raznim životnim oblicima i to posebno onim endemičnim. Specifičnost podmorja Jezera su školjkaši koji se zbog pogodnih uvjeta razvijaju u velikom broju. Posebno treba istaknuti Jakobovu kapicu (Pecten jacobaeus), zakonom zaštićene prstace (Litophaga litophaga) te plemenitu perisku (Pinna nobilis), koja je naš najveći školjkaš i kojoj trenutno prijeti izumiranje zbog pojave parazitske praživotinje koja je uzrokovala masovni mortalitet u cijelom Sredozemlju.
Jakobova kapica ima dvije različite ljušture povezane elastičnim obručem kao nekakvim zglobom. Gornja je ljuštura izbočena, a donja plosnata, obje su nabrane pravilnim zrakastim rebrima. Svjetlo-smeđe ili crvenkasate je boje koju mijenja prema okolišu u kojem živi. Dugačka je 8 do 15 cm. Kreće se po morskom dnu naglim istiskivanjem vode iz otvora školjke.
Plemenita periska živi na dubini od 2-30 m, u pjeskovitom i pjeskovito-muljevitom dnu. Njena ljuštura je oblika šiljastog trokuta, gdje je najkraća stranica u obliku luka. Boja ljušture je crvenkasto-smeđa, a kod mlađih primjeraka je žućkasto-smeđa. Šiljasti dio školjkaša ukopan je u pijesak u koji se učvršćuje bisusnim nitima. Na površini ljuštura mladih primjeraka je mnoštvo krhkih listića. Kod starijih primjeraka listići su manje izraženi, a ljušture su obrasle mnoštvom spužvi, algama, mnogočetinašima, mahovnjacima i drugim životinjama. Ljušture najvećih primjeraka mogu biti velike i 1m. Plemenita periska JE STROGO ZAŠTIĆENA VRSTA. Najveći je školjkaš Jadranskog i Sredozemnog mora. U periski vrlo često živi mali rak čuvarkuća. On perisku upozorava na dolazeću opasnost i podražava ju da zatvori svoje ljušture. Unutar ljuštura se ponekad mogu naći biseri nepravilnog oblika, koji nemaju komercijalnu vrijednost.
Prstac je valjkasti školjkaš dugačak do 12 cm. Živi u obalnim stijenama, liticama i samostalnom većem kamenju, u vlastitim bušotinama koje se rastom školjkaša šire. Vrlo je čest i u podmorskim špiljama. Životna dob prstaca je oko 80 godina i STROGO JE ZAŠTIĆENA VRSTA.
Samo u mljetskim jezerima živi endemska meduza Aurelia relicta, koja se ne može pronaći niti na jednom drugom mjestu na svijetu, a opisana je 2016. godine. Ponekad se može primijetiti na površini, ali se više zadržava u dubljim slojevima mora hraneći se manjim planktonom. Iako je prilično velika i može dostići veličinu i do 55 cm u promjeru, za kupače je posve bezopasna.
Zbog specifičnih uvjeta na ovom području, u Velikom jezeru nalazi se najveći greben busenastog kamenog koralja (Cladocora caespitosa) na svijetu. Busenasti koralj ili granati zvijezdavac je zadružni kameni koralj iz porodice Faviidae te endem Sredozemnog mora. Živi u simbiozi sa zooksantelama i upravo zbog toga kolonije mogu biti vrlo velike, te se ponekad razvijaju velike grebenaste tvorbe. Greben koralja Cladocora caespitosa u Velikom jezeru rasprostire se na površini od 650 m², na dubini između 5 i 18 metara.