Podmorje NP-a Mljet obiluje raznim životnim oblicima i to posebno onim endemičnim. Specifičnost podmorja Jezera su školjkaši koji se zbog pogodnih uvjeta razvijaju u velikom broju. Posebno treba istaknuti Jakobovu kapicu (Pecten jacobaeus), zakonom zaštićenu plemenitu perisku (Pinna nobilis), koja je naš najveći školjkaš, te prstace (Litophaga litophaga).
Jakobova kapica ima dvije različite ljušture povezane elastičnim obručem kao nekakvim zglobom. Gornja je ljuštura izbočena, a donja plosnata, obje su nabrane pravilnim zrakastim rebrima. Svjetlo-smeđe ili crvenkasate je boje koju mijenja prema okolišu u kojem živi. Dugačka je 8 do 15 cm. Kreće se po morskom dnu naglim istiskivanjem vode iz otvora školjke.
Plemenita periska živi na dubini od 2-30 m, u pjeskovitom i pjeskovito-muljevitom dnu. Njena ljuštura je oblika šiljastog trokuta, gdje je najkraća stranica u obliku luka. Boja ljušture je crvenkasto-smeđa, a kod mlađih primjeraka je žućkasto-smeđa. Šiljasti dio školjkaša ukopan je u pijesak u koji se učvršćuje bisusnim nitima. Na površini ljuštura mladih primjeraka je mnoštvo krhkih listića. Kod starijih primjeraka listići su manje izraženi, a ljušture su obrasle mnoštvom spužvi, algama, mnogočetinašima, mahovnjacima i drugim životinjama. Ljušture najvećih primjeraka mogu biti velike i 1m. Plemenita periska JE STROGO ZAŠTIĆENA VRSTA. Najveći je školjkaš Jadranskog i Sredozemnog mora. U periski vrlo često živi mali rak čuvarkuća. On perisku upozorava na dolazeću opasnost i podražava ju da zatvori svoje ljušture. Unutar ljuštura se ponekad mogu naći biseri nepravilnog oblika, koji nemaju komercijalnu vrijednost.
Prstac je valjkasti školjkaš dugačak do 12 cm. Živi u obalnim stijenama, liticama i samostalnom većem kamenju, u vlastitim bušotinama koje se rastom školjkaša šire. Vrlo je čest i u podmorskim špiljama. Životna dob prstaca je oko 80 godina i STROGO JE ZAŠTIĆENA VRSTA.
Samo u mljetskim jezerima živi endemska meduza Aurelia relicta, koja se ne može pronaći niti na jednom drugom mjestu na svijetu, a opisana je 2016. godine. Ponekad se može primijetiti na površini, ali se više zadržava u dubljim slojevima mora hraneći se manjim planktonom. Iako je prilično velika i može dostići veličinu i do 55 cm u promjeru, za kupače je posve bezopasna.
Zbog specifičnih uvjeta na ovom području, u Velikom jezeru nalazi se najveći greben busenastog kamenog koralja (Cladocora caespitosa) na svijetu. Busenasti koralj ili granati zvijezdavac je zadružni kameni koralj iz porodice Faviidae te endem Sredozemnog mora. Živi u simbiozi sa zooksantelama i upravo zbog toga kolonije mogu biti vrlo velike, te se ponekad razvijaju velike grebenaste tvorbe. Greben koralja Cladocora caespitosa u Velikom jezeru rasprostire se na površini od 650 m², na dubini između 4 i 18 metara.